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生物信息学札记(第三版).pdf

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    目录

    第一章 生物信息学通论

    第一节 生物信息与生物信息学

    一、迅速膨胀的生物信息

    二、生物信息学的概念

    第二节 生物信息学发展简史

    第三节 基因组时代:生物信息学的应用与展望

    第二章 分子数据库

    第一节 初级数据库

    一、DNA数据库

    二、基因组数据库

    三、蛋白质序列数据库

    四、蛋白质结构数据库

    第二节 初级序列数据的注释

    第三节 数据库信息检索系统

    第四节 数据库的冗余与偏误

    第五节 向数据库发送序列数据及其它

    第三章 序列分析与比较

    第一节 序列组成和单一序列分析

    一、碱基组成

    二、碱基相邻频率

    三、同向重复序列分析

    四、DNA序列的几何学分析——Z曲线

    第二节 序列联配

    一、Needleman-Wunsch算法

    二、Smith-Waterman算法

    三、序列相似性统计特征

    四、替换矩阵

    五、多序列联配

    第三节 数据库搜索引擎——BLAST和FASTA应用

    一、数据之海与一叶轻舟

    二、BLAST:核酸数据库搜索

    三、BLAST:蛋白质数据库搜索

    四、FASTA:另一种搜索策略

    第四节 寡核苷酸设计

    一、寡核苷酸设计

    第四章 基因组测序与分析

    第一节 DNA测序与序列片段的拼接

    一、DNA测序的一般方法

    二、DNA片段测序策略

    三、基因组测序策略

    四、序列片段的拼接方法

    五、EST测序

    第二节 基因组注释:基因区域的预测

    一、从序列中寻找基因

    二、最长ORF法等:基于编码区特性

    三、序列相似性比较法

    四、隐马尔可夫模型(HMM)

    五、神经网络

    六、RNA二级结构预测

    第三节 基因组分析

    一、基因组分析:生物信息学发展的“史记”

    二、比较基因组学

    第四节 基因组分析举例:水稻基因组分析

    一、 现代的二倍体,古老的多倍体

    二、 最小的核基因组:基因组在扩增还是在缩小?

    三、 籼粳稻分化时间比原来估计的要迟得多

    四、 水稻高GC含量基因的进化机制

    五、 水稻小RNA可能是驯化和育种选择的靶基因

    第五章 分子进化

    第一节 系统树及其它

    第二节 距离矩阵法

    第三节 简约法

    第四节 似然法

    第六章 蛋白质结构与功能预测

    第七章 内源非编码小RNA分析

    第八章 遗传多态性及正向选择检测

 

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